農業確定申告 初心者でもわかる青色申告のやり方

農業で一定以上の所得のあるかたは確定申告が必要です。農業の青色申告の手順や青色申告決算書の作成方法などのやり方を初心者の方でもわかりやすく説明します。
青色申告とは
農業を個人や家族で営利を目的として営んでいる場合、「個人事業主」となり1月1日~12月31日までの農業所得(事業所得)を翌年の3月15日までに所得税の確定申告をする必要があります。
確定申告には白色申告と青色申告の2種類があり、青色申告を行うためには事前に税務署への申請が必要です。特段なにも手続きをしていない場合は自動的に「白色申告」となります。
白色申告は1年間の売上と経費を記帳して収益を計算して申告するのに対し、青色申告は収益の他、事業の資産や負債等についても記帳して申告する必要があります。記帳が大変な分青色申告には、最大65万円の特別税額控除の他、様々なメリットがあります。(特別控除は青色申告をするだけで所得から控除されるので、所得が多い人は税金が安くなります)
>関連記事:農業確定申告 所得税が安くなるだけじゃない青色申告のメリット
青色申告の手順
まずは手順を確認して確定申告の流れを確認しましょう。1年に1度に全部やろうとすると、書類がなかったり記憶があいまいになりがちです。できれば月に1度、最低でも3か月に1度整理しておくのがおすすめです。
①青色申告承認申請書の提出
白色から青色申告にする場合も、新規就農する場合でも青色申告を行うためには「「所得税の青色申告承認申請書」を自分の管轄する税務署に事前に提出する必要があります。
提出期限は、申告する年の3月15日(土日祝日の場合は翌日)まで、もしくは開業から2か月以内に開業届と一緒に提出が必要です。提出が間に合わなければ今年は白色申告での申請しかできません。
>関連記事:農業確定申告 青色申告承認申請書の提出期限・書き方
②確定申告用ソフトを選ぶ
青色申告は複式簿記での記帳が必要なため、市販の確定申告ソフトを使いましょう。青色申告は税理士さんに頼む方法もありますが、確定申告ソフトを使えば自分でも十分に行えます。
確定申告ソフトは多くありますが、農業所得に対応しているものは多くなく電子申告ができるとうたっているソフトも、農業所得用の決算書はできないソフトもあるので注意しましょう。
初めてであればなるべく安価で、パソコンが必要のないソフトがおすすめです。
>関連記事:農業の確定申告 青色申告のポイントとおすすめソフト

③資料の収集
ソフトが決まったら、まずは農業所得の計算に必要な資料の整理から始めましょう。
収入に関する資料
収入に関するものは農作物の出荷の他に、雑収入となる共済金や補助金、出荷奨励金、農作業受託料などがあります。
- 営農通帳の記帳
- JAなどの出荷証明書
- 米の出荷伝票
- その他市場に販売した場合の明細書
- 農協の共済金
- 補助金・助成金の支払明細書
- その他農業に関する収入の明細
※出荷してまだ入金がないものも、収入になります。
経費(費用)に関する資料
必要経費となるものは、肥料や農薬等の他農機具の燃料や修繕費、作業服など多岐にわたります。農地の固定資産税や軽トラの固定資産税などの租税公課として経費として認められます。所得税や国民健康保険、国民年金などは事業の経費とはならないので注意しましょう。
- 営農通帳の記帳
- JAの購買取引明細書
- 農業にかかった経費の領収書もしくは請求書
- 借入金明細書
- 税金(固定資産税・軽トラの自動車税等)の明細書・領収書
- 土地改良賦課金明細書
- 農機具などの契約書(中古の場合は年式が必要)
>関連記事:農業確定申告 経費として認められるのは?
資料や帳簿は確定申告時に提出は不要ですが、5年間(収支内訳書は7年)保存する必要があります。申告年ごとにファイルしておくとよいでしょう。また確定申告時にチェックを受ける場合には、資料を確認する場合もあります。
④農業所得用の青色申告決算書の作成
③で集めた領収書や明細書などの資料、預金通帳などを見ながら収入や経費を入れていきます。収入と経費の部分は申告時に一気にやろうとすると、手間がかかるだけでなく記憶もあいまいになるため、申告もれや間違いなどが起きやすくなります。できれば毎月、できれば3か月に1度は入力しておくとよいでしょう。
入力が全て終わったら、確定申告に必要な棚卸・減価償却費の計算などを行い青色申告決算書を完成させます。
⑤確定申告書の作成
青色申告決算書ができたら、申告書を作成しましょう。手書きでももちろんOKですが、おすすめはe-tax(国税電子申告・納税システム)です。PCやスマホで数値を入れていくだけで、税務上の控除額等が自動的に計算され、確定申告書ができあがります。IDやマイナンバーカードがあれば、そのまま申告まで可能です。もちろん紙で印刷することもできます。
e-taxで申請する場合は、申告する所得の選択で事業所得(農業)にチェックすると、事業所得の入力する画面がでてくるため、収入金額の合計と所得金額を入力するだけです。どこの数値を入力すべきか右側に説明があります。

農業所得の記載が終わったら、農業所得の記載はここまで。他に兼業農家の方は給与所得を、その他不動産収入や配当金がある人や医療費控除、扶養控除、健康保険控除等を入力して確定申告書を作成します。
⑥確定申告書・青色申告決算書の提出
確定申告書はe-TAXで入力して作成した場合は、マイナンバーカードがあればそのままスマホからでも電子申告できるので、税務署に行く必要はありません。作成した青色申告書もe-TAX内で作成ができるので、ソフトなどで作成した決算書を見ながら入力していくと一緒に送付することができます。(決算書はデータで保存しておくとができます。減価償却資産などの入力で翌年も使えるので忘れずに保存しておきましょう)
確定申告書は電子で、青色申告決算書は紙で提出することもできます。電子で申告が完了すると、他に提出な必要な書類の一覧が印刷できるのでそれと一緒に提出しましょう。(税務署の窓口へ持ち込みもしくは郵送でも可能です)
農業所得用の青色申告決算書の作成方法
流れがわかったところで、一番大変な青色申告決算書の作成方法について順を追いながら説明していきます。
①収入や経費を確定申告ソフトに入力
集めた資料を基に確定申告ソフトに入力していきましょう。
どこから手を付けていいのかわからない人は、まずは農業所得専用の銀行口座の通帳の古い順に入力するのがおすすめ。
通帳に記帳されている金額と③であつめた資料を照合しながら、収入や経費を入力していきます。一つの領収書にプライベートなお金と事業用のお金が混在している場合には、按分して計上する必要があります。かんたん農業確定申告をお使いの人は経費の入力欄に事業按分を入れる欄があるので、そこに数値をいれれば分けて仕訳が自動計上されます。
>関連記事:農家の確定申告 家事按分について
農業用の通帳にプライベートな支出や入金があった場合や、1台10万円以上の資産の購入、借入金の入金や返済などをした場合は、通帳の金額のところにメモして、まずは農業所得に関する収入と経費を入力しましょう。
②借入金の入力
銀行などから融資を受けている場合は、「借入金」の計上が必要です。
借入金の元金は負債の「借入金」勘定、利息は経費の「利子割引料」で計上します。入金時や返済には借入金の元金と経費がまざって入金、返済されていることがあるので金融機関からもらっている「借入金返済表」を確認して間違えずに取引を入力しましょう。
>関連記事:農家の確定申告 借入金の書き方は?経費になる?
かんたん農業確定申告を使っている人は、借入金管理から、入金・返済・利息を入力することで自動で仕訳が計上されるため、自分で仕訳を作成する必要はありません。金融機関からもらった「借入金返済表」を元に借入金の情報を入力してください。
>かんたん農業確定申告ヘルプ:借入金の入力方法(青色申告)
③減価償却資産の登録・減価償却費の計上
次に1台10万円以上の減価償却資産を購入した場合の処理をしましょう。
取得した価格はいったん資産勘定に計上にします。資産勘定とは貸借対照表にある「建物・構築物」、「農機具等」「果樹・牛馬等」「土地」です。ソフトウエアなどを購入した場合はソフトウエアもしくは無形固定資産で計上しましょう。
「建物・構築物」、「農機具等」「果樹・牛馬等」に計上された資産は、減価償却資産となり、購入価格の全額を必要経費とすることができません。その機械や車両を使うのは今年だけではなく、来年以降もその資産を使って生産を行うため、使う期間で按分する必要があります。
使う期間は法定耐用年数で資産によって年数が決められています。青色申告の場合は下記の経理処理となります。
取得価格 | 経費処理 | 説明 |
|---|---|---|
1円~99,999円 | 全額経費計上 | 全額購入した年の経費にできます |
100,000~199,999円 | 下記のどれかを選択 ・全額経費計上(少額減価償却資産の特例) ・一括償却資産(3年間で均等償却) ・耐用年数による減価償却 | 少額減価償却資産の特例により、 |
200,000~399,000円 (2026年3月31日までに取得した資産は299,999円) | どちらかを選択 ・全額経費計上(少額減価償却資産の特例) ・耐用年数による減価償却 | 取得価格30万円未満まで、少額減価償却資産の特例により |
300,000円以上 (2026年3月31日までに取得した資産は400,000円) | 耐用年数による減価償却 | 法定耐用年数で計算して、 |
減価償却は別途計算が必要です。一般的な確定申告ソフトは減価償却の計算ができるようになっているのでそれぞれのソフトに合わせて入力しましょう
かんたん農業確定申告ソフトをお使いの人は、資産を選んで取得日を入力すれば資産の計上も減価償却費が自動に計算されるため、科目に悩む必要もありません(一括償却や、少額減価償却資産の特例を使う場合は✓するだけで、仕訳も自動で計算されます。)
④事業主勘定の計上
最後に通帳の残高と預金の帳簿残高を照合するためには、事業用の口座にプライベートな支出や入金の計上をする必要があります。
プライベートなお金の入出金は、収益には関係しませんが、貸借対照表の現預金の額に影響するため、個人事業主の青色申告者しか使わない「事業主勘定」を使って現預金を照合させます。
事業のお金をプライベートで使ったときは「事業主貸」勘定を使い、逆にプライベートなお金を事業に使った場合には「事業主借」勘定を使います。
できるだけ事業の口座は、プライベートな入出金がないよう区別しましょう。確定申告の手間が減ります。
しっかり事業用の口座をプライベートと区分している人でも、「預金利息」は事業用の口座でも事業所得にはなりません。そのため利息は「事業主借」で計上する必要があります。
>関連記事:農業確定申告 預金利息の仕訳は?
事業主借と事業主貸混乱しやすいので、逆に入力しないようにしましょう。間違えるとマイナス残高が発生してしまいます。
かんたん農業確定申告を使っている人は、振替伝票から入力します。パターンに「プライベートな支出」「プライベートな入金」がありますので、そちらをタップすると仕訳が表示されるので勘定科目を間違えるリスクが減らせます。
⑤預金照合
①から④まで完了したら、事業用の口座の取引はすべて入力されているはずですので残高があっているか確認しましょう。あっていない場合は、一般的な確定申告ソフトには「現金出納帳」があり、入力した取引がすべて表示されてるので、入力漏れや金額の入力間違いなどがないかチェックし、修正をして通帳と帳簿が合うまで修正しましょう。
かんたん農業確定申告ソフトを使っている人には、現預金が合わない時の照合方法についてのマニュアルがありますのでこちらを参考にしてださい。
>かんたん農業確定申告ヘルプ:(青色申告ヘルプ)現預金の残高確認で数値が合わない場合はどうしたらよいですか
⑥現金や自分のクレジットカードなど支払した経費を入力する
準備のところで集めた領収書や請求書の中に、預金口座の中になかった、紐づけできなかったものはありませんか。
出金時に現金や、プライベートで使っている領収書を区分している人はそれらの経費の入力が必要です。区分していない人も預金口座になかったものは、おそらく自分のお金やクレジットカードなどで支払したものと推測されるので、それらの取引を入力しましょう。
そのお金はいわゆるあなたが事業のために立替したお金です。年内(12月末)であれば普通預金口座からその経費の合計額を引き出して精算し、その分の経費を計上しましょう。もちろん事業主貸勘定を使って計上しても問題ありません。1月1日以降であれば精算はできないので、借方は経費の勘定科目、貸方は預金ではなく事業主貸勘定で計上します。
この場合は、日付は領収書や請求書に合わせる必要はないので、まとめて入力してもかまいません。
かんたん農業確定申告をお使いの人は、取引登録の支出で登録した経費は、普通預金から支出されたことになりますので、経費は12月31日にすべて入力し、その合計額を振替伝票のプライベートな支出として12月31日に振替伝票を入力してください。
⑦家事消費・事業消費の集計
家事消費とは収穫した農作物を自分の家で消費した場合や、親族や友人などにプレゼントした場合などが該当します。事業消費とはアルバイトなどで雇用している人たちに農作物を現物支給した場合などがあげられます。
収穫時の生産者販売価額が基本となりますが、家事消費は定価の70%の計上も認められています。また傷んだものなどは見切り品としての価格で計上してかまいません。厳密に計上するのは難しいですが、農作物を自宅で食べない人はいないと思いますので、税務申告で指摘が多い収入となりますので計上を忘れないようにしましょう。
>関連記事:農家の確定申告 家事消費(自家消費)ついて
⑧貸借対照表の前期末残高・期首残高の入力
前年も青色申告をしている場合には、前年の貸借対照表の期末簿価を入力しましょう。システムによっては期首簿価を入力する場合もあります。
白色申告から青色申告に切り替えた人は、前年は貸借対照表がないため期首簿価を作る必要があります。
今年から就農した人は、前年の残高はないので入力は不要ですが、事業のためにプライベートなお金から普通預金にお金を入金した場合などは仕訳の入力が必要です。
>関連記事:農家の確定申告 青色申告を始めるときの「期首残高」とは
⑨農作物・農作物以外の棚卸し
ここからは決算処理をしていきましょう。まずは棚卸から始めます。
棚卸は、農作物と農作物以外に分けられます。
まずは農作物の棚卸です。12月31日現在、出荷していない農作物がある場合はその農作物の棚卸金額を計算します。米・麦等の穀物以外の農作物で数量がわずかなものは棚卸は省略が可能です。農産物ごとに分けて集計してシステムに入力しましょう。棚卸の方法については下記の記事で詳しく説明しています。
関連記事:農業確定申告 農作物の棚卸について
農作物以外で棚卸は、未収穫農作物、販売用動物、農業用品(肥料、飼料、農薬、種苗、諸材料など)、その他の4つに分けて集計してシステムに入力します。未収穫農作物や農業用品は、毎年同程度を翌年へ繰り越す場合は不要です。棚卸の方法や価格については下記の記事で詳しく説明しています。
関連記事:農業確定申告 農作物以外の棚卸高の対象と棚卸価格について
⑩売掛金・買掛金(未払金)の計上
売掛金・買掛金(未払金)とは、12月末時点でお金のやりとりが終わっていない取引を登録する際に使う科目です。該当するものがなければ計上する必要はありません。
たとえば出荷はしたが、まだ入金されてい場合には売上を計上する必要があります。その場合には相手科目には預金勘定はつかえないので売掛金を使います。
逆にサービスや資材などはすでに受け取っているが、支払いをしていない場合には買掛金(未払金)を使って計上します。
⑪青色申告特別控除額の計算
最後に、青色申告特別控除額の計算をします。青色申告特別控除額は、10万円、55万、65万円の3つ。10万円は簡易簿記での申告の場合で、55万円は青色申告決算書を紙で印刷して提出する場合、65万円の控除は電子申告で申告した場合となっています。
今までの手順で作成していれば複式簿記での青色申告決算書が完成しているはずです。ですのであとは提出の方法を選ぶだけ。印刷して提出する場合は55万円の控除、e-Taxを使い決算書を転記すれば65万円の控除を受けることができます。
また特別控除には不動産所得も影響するので不動産所得がある場合には計算に必要です。
ここまでで、青色申告に必要な青色申告決算書の作成が完了し、農業所得が確定します。
青色申告決算書の作成は農業所得用の確定申告アプリが便利です
かんたん農業確定申告は、農業者のためのクラウド型の確定申告ソフトです。
多くの手順が必要な青色申告決算書の作成は、初めての人にはわからないことばかり。
かんたん農業確定申告は、家計簿感覚で収入や経費を入力した後は、確定申告メニューからソフトに従って入力していくだけで決算書が自動で作成されます。
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※本サイトの内容は、国税庁の決算のしかた(農業所得編)、令和7年分 青色申告決算書(農業所得用)の書き方等の手引き、法令解釈等を参考に記載していますが、税務アドバイスを目的としたものではありません。実際の申告では、税務署や税理士に確認の上、ご自分の判断で申告を行ってください。









